Autrefois réputée pour la qualité de sa formation et son savoir-faire en matière de vente de joueurs grâce à son trio historique composé de Guy Roux, sur le banc pendant 41 ans (entre 1961 et 2005), du président Jean-Claude Hamel (1963-2009) et de Gérard Bourgoin, partenaire numéro un depuis la fin des années 1970, l'AJ Auxerre a connu un long passage à vide en Ligue 2. Aujourd'hui, Roux (83 ans) n'est plus que l'administrateur du club et son influence, longtemps sous-jacente, est aujourd'hui minime. Hamel, qui a démissionné de son poste en 2009, est décédé en 2021 à l'âge de 90 ans et Bourgoin (82 ans) n'a plus aucune fonction au sein du club.
Un groupe chinois à la barre
Ces dix années de purgatoire n'ont pas été un long fleuve tranquille sur les bords de l'Yonne. Sportivement, le club a souvent lutté dans la deuxième moitié du classement de la L2 et financièrement, l'AJA a considérablement dégraissé avec la relégation. Le budget de 40 millions d'euros pour la dernière saison en Ligue 1 a fondu de moitié à partir de 2012-2013, est tombé à 12 millions d'euros en 2016-2017, pour se stabiliser à 20 millions d'euros pour l'exercice en cours. L'organisation de l'association a également beaucoup évolué. Actionnaire majoritaire de 2013 à 2017, le fonds d'investissement luxembourgeois Paris Luxembourg Participations (PLP) a sauvé l'AJA de la faillite en injectant de l'argent frais dans l'association au printemps 2013.
Son président Emmanuel Limido est décédé le 30 mai 2015 d'une crise cardiaque le jour de la finale de la Coupe de France, perdue par le club bourguignon contre le Paris SG (1-0), avant que son épouse Corinne ne vende ses parts à l'automne 2016 au groupe chinois ORG Packaging, qui en est désormais le propriétaire. Le PDG de ce dernier, James Zhou, a remplacé il y a un an Francis Graille (ancien de Lille et du PSG, 2017-2021) à la présidence de l'AJA. Auparavant, Gérard Bourgoin avait dirigé l'association pendant la relégation (2011-avril 2013), avant de céder sa place à Guy Cotret (2013-2017), un représentant du PLP.
Un banc instable, un pari réussi pour Furlan
L'instabilité s'est également installée au sein de la banque. Arrivé en juin 2019, Jean-Marc Furlan (64 ans), précédé d'une réputation d'"homme des montées" après avoir mené Brest (2019) et Troyes (2005, 2012, 2015) en Ligue 1, est tout de même le neuvième entraîneur de l'AJA depuis la relégation. Il lui a cependant fallu un peu de temps pour mettre en place son projet sportif, toujours axé sur un jeu attractif. Ainsi, en mars 2020, lorsque la saison s'est terminée prématurément à cause de la pandémie de Covid 19, le club francilien n'était que 11e et en 2021, l'équipe bourguignonne, 6e, a manqué de peu les play-offs d'accession. Furlan ne se considère toutefois pas comme un faiseur de miracles, mais estime plutôt avoir "été au bon endroit au bon moment", comme il l'a confié au magazine Onze Mondial lors de son arrivée en 2019, et prône un "football fait d'émotions et d'audace, qui fera venir les gens au stade".
Reste à l'AJA à bâtir une équipe pour se maintenir dans une Ligue 1 à quatre relégations sèches la saison prochaine, qui devrait faire passer le nombre de clubs de vingt à dix-huit. Jean-Marc Furlan, en fin de contrat, s'est vu coller l'étiquette de n'être bon que pour la montée, sans être capable ensuite de réussir en L1. Il a souvent expliqué qu'il ne voulait plus pratiquer dans l'élite avec un 19e ou 20e budget, préférant un banc avec des moyens permettant de lutter dans la première moitié du tableau. Dans un football français en pleine mutation, l'AJA va donc devoir recruter malin et surtout pas cher pour espérer se maintenir comme à l'époque de Guy Roux.