En 22 matches, Messi a remporté 12 victoires, 3 matches nuls, 7 défaites et marqué 15 buts. Voici cinq de ses apparitions les plus mémorables dans le stade de Madrid.
7 mai 2008 : le cauchemar
Alors qu'un an plus tôt, Messi avait arrêté son compteur au Camp Nou en réalisant un hat-trick contre le Real, "La Pulga" a vécu un cauchemar au Bernabéu en ce mois de mai 2008. A trois journées de la fin, Madrid était déjà assuré d'être champion, mais voulait prouver sa supériorité sur sa pelouse (4-1). Messi, encore revêtu de son n°19, était positionné sur l'aile droite, tandis que Bojan Krkic formait la pointe et que Thierry Henry jouait à gauche. Les deux équipes ont mené par deux buts à la 25e minute grâce à Raul et Arjen Robben. En deuxième mi-temps, les Madrilènes en ont rajouté une couche par Gonzalo Higuain et Ruud Van Nistelrooy, avant que Thierry Henry ne sauve l'honneur en marquant.
2 mai 2009 : la revanche
Presque un an jour pour jour après ce mauvais rêve, Messi s'est réveillé ... et a infligé à son tour un cauchemar aux fans de la "Maison Blanche". Le Barça a écrasé le Real 6-2 à Madrid et a provoqué l'une des pires humiliations de l'histoire moderne du Clásico, la première au Bernabéu sous Pep Guardiola. L'entraîneur catalan a installé Messi au poste de "faux N.9", et l'Argentin a inscrit un doublé. Dans la première demi-heure, il a tiré trois fois sur Iker Casillas avant de le tromper à la 36e minute pour le 3-1, après que Xavi a arraché le ballon du pied de Lassana Diarra. A la 75e minute, il a marqué un autre but après que Xavi lui ait passé le ballon. Les deux buts ont été célébrés par un t-shirt en l'honneur des personnes atteintes du syndrome de l'X fragile, une maladie génétique rare.
27 avril 2011 : la chevauchée européenne
Le rendez-vous est énorme : un clásico en guise de demi-finale de la Ligue des champions. Au match aller à Madrid, les deux équipes se sont neutralisées jusqu'à la 76e minute. Puis le natif de Rosario est sorti de sa boîte pour marquer les deux buts de la victoire catalane (2-0). Il a marqué le premier but en coupant un centre d'Ibrahim Afellay depuis le côté droit. Le deuxième but, il l'a marqué en récupérant le ballon de Sergio Busquets, puis en chevauchant la défense des Merengues pour terminer par une frappe croisée. Avec un score de 1-1 au match retour, le Barça se qualifie pour la finale de la C1, qu'il remporte grâce à un but de Lionel Messi contre Manchester United (3-1).
23 mars 2014 : le premier triplé
À neuf journées de la fin du championnat, la lutte pour le titre fait rage. Avant ce nouveau Clásico, le Real Madrid est leader avec quatre points d'avance sur les Catalans. Peu avant la pause, dans un Bernabéu en feu, Messi a égalisé à 2-2 sur un service de Neymar, après l'ouverture du score d'Andrés Iniesta (sur une passe de l'Argentin) et le doublé de Karim Benzema côté Real. Au retour des vestiaires, Cristiano Ronaldo, le rival juré de "La Pulga", redonnait l'avantage aux Blancs sur penalty (55e). Messi a répondu sur le même ton : deux penalties, provoqués par Neymar et Iniesta, ont été transformés par le numéro 10 (65e, 84e). Le premier triplé de Messi au Bernabéu (4-3).
23 avril 2017 : le maillot levé.
La 33e journée de la Liga espagnole donne lieu à un clásico chaud et capital dans la course au titre, où le Barça et le Real se rendent coup pour coup. Messi s'est distingué une première fois en maintenant son équipe dans le match. Après le temps réglementaire, le score était de 2-2, jusqu'à ce que le numéro 10 se manifeste dans les arrêts de jeu et marque son 500e but pour les Blaugrana. L'Argentin s'est présenté devant la tribune des supporters madrilènes, a retiré son maillot et l'a présenté aux spectateurs étonnés. L'image fera le tour du monde.